L'archivio è tornato presso la famiglia; in Biblioteca è possibile consultarne l'inventario.

Da tempo era noto che presso Villa La Torre di Cupramontana, residenza di campagna dei marchesi Ghislieri, famiglia di antichissima origine bolognese, si conservava un nucleo documentario, già visitato nel 1969 dalla Soprintendenza archivistica per le Marche, che il 22 agosto dello stesso anno aveva notificato al marchese Luigi Pio Ghislieri Marazzi la dichiarazione di notevole interesse storico dell'archivio, per i seguenti motivi: "Si tratta di un notevole complesso documentario, pergamenaceo e cartaceo, risalente al 1324, e riflettente, attraverso la storia di una delle più illustri famiglie del patriziato marchigiano, la storia politica ed amministrativa dell'intera regione".

Nel 2009 viene sottoscritta una convenzione di deposito con la marchesa Cristina Marcelli Flori, vedova di Luigi Pio Ghislieri Marazzi, proprietaria dell'archivio, che è stato quindi trasferito e collocato al secondo piano del Palazzo della Signoria.

A seguito dei lavori di riordinamento ed inventariazione, conclusi nel giugno 2010, l'archivio Ghislieri risulta composto da un ricco fondo pergamenaceo, costituito da ben 322 pergamene interessanti un periodo che va dal primo quarto del secolo XIV all'inizio del XVIII, e da un fondo cartaceo composto da 33 unità tra buste, volumi e cartelle. Questi documenti riguardano in particolare le vicende del patrimonio familiare, la sua trasmissione e le annesse divergenze.